小型生物制藥污水處理設(shè)備的處理工藝流程可分為三部分：廢水生物及物化處理部分、污泥處理部分以及沼氣處理和利用部分。
    廢水經(jīng)廠區(qū)排水管道排入現(xiàn)有車間外的貯水池中，然后由泵提升至pH值調(diào)節(jié)槽，調(diào)節(jié)pH值后自流進入調(diào)節(jié)池，進行水質(zhì)、水量的調(diào)節(jié)；然后由調(diào)節(jié)池內(nèi)的提升泵提升至高效厭氧內(nèi)循環(huán)反應(yīng)池進行厭氧處理；厭氧出水自流排入一級脫氮單元，一級脫氮單元由一級反硝化池、一級硝化池和脫氮池組成；一級脫氮單元出水自流進入二級脫氮單元，二級脫氮單元由二級硝化池（膜池1）與二級反硝化池組成；二級脫氮單元出水由膜抽吸泵送入混凝反應(yīng)池，采用化學法對磷和膠體性有機物進行去除，混凝反應(yīng)出水經(jīng)膜過濾和脫色達標排放。
    小型生物制藥污水處理設(shè)備運行情況：
    高效厭氧反應(yīng)對廢水中有機物的去除效率較高，其出水中所含的有機物基本為不易生物降解或不可生物降解物質(zhì)，用活性污泥法或生物膜法對其處理效果較差，本工藝中采用膜生物反應(yīng)器（MBR）工藝，可以保持較高的污泥濃度，SRT與HRT分離，有利于在系統(tǒng)中截留長泥齡的特異性降解微生物，使厭氧出水中難降解有機物得以去除。
    厭氧反應(yīng)對總氮及氨氮基本沒有去除效果，而原水中又含有較高濃度的總氮和氨氮，因此在工藝的選擇上配置了兩級脫氮系統(tǒng)，并應(yīng)用短程硝化反硝化進行高效脫氮，使得原水中的氨氮與總氮都得到有效的去除。